नपुंसकता के मुख्य दो कारण होते हैं-मानसिक और शारीरिक। मानसिक कारणों में क्रोध, भय, चिंता, व्यथा, शोक आदि होते हैं। शोक से उत्पन्न मानसिक तनाव के कारण शिश्न में पूरा रक्त संचार न होने से वह बड़ा और कड़ा नहीं होता। इससे अस्थाई नपुंसकता पैदा होती है, जो मनोवैज्ञानिक तरीके से इलाज कराने पर दूर की जा सकती है। । नपुंसकता के शारीरिक कारणों में शिश्न का विकास न होना, अति मैथुन, अप्राकृतिक मैथुन, हस्तमैथुन, शिश्न पर चोट या आघात लगने, मधुमेह, सिफलिस, गाइनोरिया. वीर्य वेग को रोकना, उच्च रक्तचाप, अधिक मदिरापान व धूम्रपान, हार्मोन्स की कमी, मोटापा, शिश्न की शिराओं में रक्तप्रवाह की कमी, तंबाकू, अफीम, गांजा, भांग, चरस जैसे मादक द्रव्यों की लत आदि होते हैं।